Jason Bourne sucht weiter nach seiner wahren Identität. In London erhält er von einem Journalisten Hinweise zu den Hintermännern des geheimen CIA-Projekts, kurz bevor dieser erschossen wird. Er erkennt, dass sein Projekt nicht eingestellt wurde, sondern unter anderem Namen immer noch aktiv ist. In Madrid und Tanger verfolgt er weitere Spuren und gelangt schließlich nach New York. Doch der CIA-Direktor Noah Vosen will mit aller Macht die Beteiligten des Programms eliminieren.