Vor zwei Jahren dachte Jason Bourne, er hätte seine Vergangenheit endgültig hinter sich gelassen. Auf Goa versucht er gemeinsam mit seiner Freundin Marie Kreutz ein neues Leben aufzubauen, doch sein altes Leben als genetisch modifizierter CIA-Agent und Killer holt ihn wieder ein. Als bei einer riskanten Geheimaktion in Berlin ein CIA-Agent getötet wird, gilt Bourne als Täter. Ein Katz- und Maus-Spiel beginnt, bei dem niemand sicher sein kann, wer der Jäger und wer der Gejagte ist.