Der Teenager Miles Morales wird in der U-Bahn von einer radioaktiven Spinne gebissen und entwickelt plötzlich geheimnisvolle Kräfte, die ihn in den einzigartigen Spider-Man verwandeln. Parallel dazu hat der Superschurke Kingpin einen nuklearen Teilchenbeschleuniger entwickelt, der ein Portal zu anderen Universen öffnen kann. Durch dieses Portal schlüpfen nun Spider-Mans aus anderen Paralleluniversen. Gemeinsam machen sie sich auf, Kingpin zu bekämpfen und den Beschleuniger zu zerstören.