Tokio im Jahr 2029: Ein großes elektronisches Netzwerk beherrscht die Welt und dringt in jeden Aspekt des Lebens ein - ein gefundenes Fressen für Hacker. Als eine Polizei-Sondereinheit den Meister-Hacker Puppet Master festnehmen soll, wird eben dieses Netzwerk zum Schlachtfeld. Die Leitung der Ermittlungen übernimmt Major Motoko Kusanagi, ein Cyborg-Officer und damit mächtiger, als seine menschliche Hülle erahnen lässt.