Im Jahr 1638 reisen der junge Jesuit Sebastião Rodrigues und Bruder Francisco Garrpe nach Japan, um einem Gerücht nachzugehen: Ihr Mentor, Pater Cristóvão Ferreira, der als Missionar tätig war, soll dem christlichen Glauben abgeschworen haben. In Japan bietet sich den beiden ein schauderhaftes Bild: Christen werden erbarmungslos verfolgt und können ihre Religion nur im Geheimen ausüben. Schon bald wird es auch für die jungen Priester brenzlig, und ihr Glauben wird auf eine harte Probe gestellt.