Die Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nachdem ein fürchterlicher Terroranschlag in London ein Archiv der Sternenflotte vernichtet und die Erde in eine schwere Krise gestürzt hat. Dahinter steckt John Harrison, ein ehemaliges Mitglied der Sternenflotte und Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe. Captain Kirk, der noch eine persönliche Rechnung offen hat, führt die Enterprise und ihre Crew auf eine epische Mission, den gefährlichen Terroristen zu ergreifen und Schlimmeres zu verhindern.