Thomas ist der Anführer einer Gruppe von Widerstandskämpfern, die sich gegen eine Organisation stellt, welche es auf sie abgesehen hat. Ein tödliches Virus bedroht die Menschheit, und einige Auserwählte tragen das Gegenmittel in sich. Ziel der Organisation WCKD ist es, diese Auserwählten auszubeuten. Doch das wollen sich Thomas und seine Freunde nicht gefallen lassen. Sie ziehen in den Kampf, der sie in ein gefährliches Labyrinth führt.