20 Jahre ist es her, seit die katastrophale erste Invasion der Aliens zurückgeschlagen wurde. Seither hat sich die Menschheit die zurückgelassene Technologie der Außerirdischen angeeignet, um sich gegen einen weiteren Angriff zu wappnen. Nun sieht sich eine neue Generation mit der Bedrohung aus dem Weltall konfrontiert, als die Aliens tatsächlich einen neuen, verheerenden Angriff starten. Alle Hoffnungen ruhen auf dem jungen Piloten Jake und auf Dylan, dem Sohn des verstorbenen Steven Hiller.