Scooby und seine Freunde finden sich im Weltraum wieder, nachdem Fred versehentlich die Mystery-Maschine auf der Ladefläche eines Raumschiffs abgestellt hat. Dort werden sie auch gleich mit einem geheimnisvollen Fall konfrontiert. Ein Teil der Besatzung eines anderen Raumschiffs ist nach einer ansteckenden Infektion verschwunden.