Thomas und die übrigen Gladors sind dem Labyrinth gerade entflohen, da stehen sie bereits vor der nächsten Herausforderung. Wieder geraten sie in Gefangenschaft und wieder gelingt ihnen die Flucht. Sie werden jedoch den Verdacht nicht los, dass das kein Zufall war. Um hinter die Machenschaften der Organisation WCKD zu gelangen, kämpfen sie sich schließlich durch die verseuchte Brandwüste. Doch die Seuche ist nicht die einzige Gefahr, die ihnen dort droht.