Nachdem durch die genetisch veränderten Affen und eine Virusepidemie die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen die wenigen Überlebenden, ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen in den Muir Woods ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Alles deutet darauf hin, dass der brüchige Frieden zwischen den Affen und den Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald kommt es zum Kampf um die Vorherrschaft.