Die vier Pinguine Skipper, Kowalski, Rico und Private aus dem New Yorker Zoo sind eine militärische Gruppe und erledigen eine gefährliche Mission nach der anderen. Nun stehen sie aber vor ihrem schwierigsten Fall: Der Krake Dr. Octavius Brine will sich an allen Pinguinen rächen, da diese ihm immer wieder die Schau gestohlen haben. Deshalb entführt er die vier und nimmt sie gefangen. Doch der Gruppe gelingt die Flucht und sie setzen alles daran, Octavius auf eigene Faust zu bekämpfen.