Die Nato-Soldaten Hauser und Weems haben die Aufgabe, den Transport von Raketensprengköpfen der Firma Mars zu eskortieren. Doch dann kommt ihnen die Terror-Organisation Cobra in die Quere. Die beiden Soldaten werden von einer geheimen Spezialeinheit namens G.I. Joe gerettet. General Clayton "Hawk" Abernathy und seine internationale Truppe versuchen, die mysteriöse Baroness und den gemeingefährlichen Doctor aufzuhalten, ehe Cobra die mit Nanotechnologie bestückten Sprengköpfe einsetzen kann.