Der Wissenschaftler Milo ist davon überzeugt, dass es die geheimnisvolle versunkene Stadt Atlantis gibt. Als Mitglied einer U-Boot-Mission taucht er in die Tiefen des Meeres ein und findet die sagenumwobene Stadt. Doch Atlantis steht kurz vor dem endgültigen Untergang. Nur die atlantische Prinzessin Kida und Milo sind in der Lage, Atlantis vor diesem schlimmen Schicksal zu bewahren. Dabei erhalten sie Unterstützung einer Gruppe junger Abenteurer. Einer von ihnen hat jedoch andere Absichten.