Im 25. Jahrhundert: Durch eine Seuche ist die Menschheit nahezu ausgestorben. Die wenigen Überlebenden haben sich in die Stadt Bregna zurückgezogen. Hinter den schützenden Stadtmauern herrscht jedoch ein totalitäres System. Eine Gruppe Widerstandskämpfer will das beenden und beauftragt die Auftragskillerin Aeon Flux, den Präsidenten zu töten. Als diese jedoch auf ein Netz von Geheimnissen und Intrigen stößt, ist sie nicht mehr sicher, auf welcher Seite sie steht.