Kyon ist ein Junge, dessen Freunde kurz vor Weihnachten eine Party für die SOS-Brigade planen. Doch plötzlich sind Haruhi und Itsuki spurlos verschwunden, während Yuki über einem Buch sitzt und Kyon nicht mehr erkennt. Auch Mikuru erinnert sich an nichts mehr, als Kyon sie anspricht. Darüber hinaus sind auch alle Beweise dafür verschwunden, dass seine Freunde jemals zusammengearbeitet haben. Kyons Aufgabe besteht darin, Haruhi zu finden, um die Welt wieder in Ordnung zu bringen.