Als der Großvater des 16-jährigen Jacob von einem geheimnisvollen Wesen getötet wird, will der Junge der Sache auf den Grund gehen und reist zu der Insel, auf der sein Opa einst in einem Waisenhaus lebte. Dort gelangt er mithilfe der wundersamen Emma durch eine Zeitschleife tatsächlich zu dem Waisenhaus, das von Miss Peregrine geleitet und von Kindern mit magischen Fähigkeiten bewohnt wird. Doch ihnen droht Gefahr von alten Gegnern, den Hollows, und Jacob ist der Einzige, der sie besiegen kann.