1957: Indiana Jones wird zusammen mit seinem Kollegen Mac von sowjetischen Agenten entführt. Er soll für sie in einer Lagerhalle im Militärkomplex Area 51 nach einer Kiste mit den Überresten eines nichtmenschlichen Wesens suchen. Während Jones versucht, zu fliehen und zugleich zu verhindern, dass die Russen die Kiste entwenden können, stellt sich Mac als Kollaborateur heraus. Eine Spur führt Indiana zu einem Kristallschädel nach Peru, der auf keinen Fall in russische Hände geraten darf.