Die kleine Mary folgt einer geheimnisvollen Katze in den nahe gelegenen Wald und entdeckt einen alten Besenstiel und eine seltene Blume, die alle sieben Jahre einmal blüht. Zusammen führen die Blume und der Besenstiel Mary über die Wolken und weit weg zum Endor College - einer Schule der Magie, die von Direktorin Madame Mumblechook und dem brillanten Doktor Dee geleitet wird. Mary ist begeistert von dem Ort, bis sie merkt, dass die Lehrer nichts Gutes im Schilde führen.