Eine mysteriöse Gruppe fliegender Ninjas hat es auf Konoha abgesehen. Bei ihrem plötzlichen Angriff auf die Stadt kommt es zu großflächigen Verwüstungen. Schnell wird klar, dass es sich bei den unerwünschten Eindringlingen um die "Luft Ninjas" aus dem Reich des Himmels handelt - eine Nation, die eigentlich schon vor vielen Jahren ausgelöscht wurde. Naruto nimmt sich gemeinsam mit seinen Freunden der schwierigen Aufgabe an, den Feinden entgegenzutreten und seine Heimat zu retten.