Der junge Tim reist nach Ryme City, um die Wohnung seines verstorbenen Vaters aufzulösen. Dort trifft er auf das Pokémon Pikachu, der einst der Partner von Tims Vater war. Pikachu, der nur mit Tim reden kann, teilt ihm mit, dass sein Vater noch lebt. Zusammen mit der Reporterin Lucy suchen sie nach ihm und kommen dabei einer Verschwörung auf die Spur, in die sowohl der Mörder von Tims Vater als auch ein mysteriöses grünes Gas involviert sind, welche die Zukunft von Menschen und Pokémon bedrohen.