Im Januar 2118 erhält der Chefinspektor der Kriminalpolizei, Akane Tsunemori, einen Bericht über einen Vorfall auf einem ausländischen Schiff: Die Leiche von Professor Milicia Stronskaya wurde entdeckt. Hinter dem Vorfall steckt eine Gruppe namens "Peacebreakers", die es auf die Forschungsarbeiten des Professors abgesehen hat. Wiedervereint mit Shinya Kogami, einem ehemaligen Flüchtling aus der Kriminalpolizei, muss sich Akane mit dem Fall auseinandersetzen.