Die Erde ist mal wieder einer übergroßen Gefahr ausgeliefert: Shadow. Kaum jemand scheint etwas über diese finstere Gestalt zu wissen. Doch Shadow verfügt über extreme Macht und ist fast blind vor Wut und Rachegelüsten. Es liegt wieder mal an Sonic, Knuckles und Tails, die Welt zu retten. Doch das ist einfacher gesagt als getan. Denn dieses Mal ist auch das Trio am kürzeren Hebel. Also braucht es einen neuen, unerwarteten Verbündeten.