Nach Spocks Selbstaufopferung kehrt die Enterprise zur Erde zurück. Dort erfährt die Crew, dass ihr Raumschiff stillgelegt werden soll. Dann aber findet Kirk heraus, dass Spock kurz vor seinem Tod einen Teil seines Geistes auf McCoy übertragen und deswegen überlebt haben soll. Die Crew beschließt, die Enterprise zu entwenden und der Sache nachzugehen. Zunächst muss sie sich jedoch mit dem machtgierigen Klingonen-Kommandanten Kruge auseinandersetzen.