Da man im SGC seit dem Weggang des Atlantis-Teams nichts mehr von ihm gehört hat, wird die Prometheus im Auftrag des Pentagon auf eine Expedition in die Pegasus-Galaxie geschickt. Obwohl O'Neill Daniel die Teilnahme untersagt, besteht General Hammond darauf, ihn mitzunehmen. Bereits vom Start weg verläuft die Expedition nicht nach Plan. Es geht ein Hilferuf von einem im All treibenden Schiff ein, der die Neugier von Hammond weckt.