Shredder, der Erzfeind der mutierten Schildkröten Leonardo, Donatello, Raphael und Michelangelo, ist zurück und führt erneut Böses im Schilde. Doch nun wird er unterstützt von seinen ebenfalls mutierten Handlangern Bebop und Rocksteady. Während sich die Turtles mit diesen herumschlagen, arbeitet der Außerirdische Krang weiterhin an seinem Welteroberungsplan. Zum Glück haben die Turtles in der Reporterin April O'Neil, dem Kameramann Vernon Fenwick und dem maskierten Rächer Casey Jones Verbündete.