New York ist ein Paradies für Verbrecher, seit Shredder und sein Unterwelt-Clan die Kontrolle an sich gerissen haben. Polizei und Politiker hat er in seiner Gewalt, die Menschen sind seinen finsteren Plänen hilflos ausgeliefert. Doch die unerschrockenen mutierten Schildkrötenbrüder Raphael, Michelangelo, Donatello und Leonardo sagen ihm den Kampf an. Unterstützt werden sie dabei von ihrem Mentor Splinter, der furchtlosen Journalistin April O'Neil und dem ehrgeizigen Kameramann Vern Fenwick.