Der junge Rebell James T. Kirk wird von Captain Pike dazu ermutigt, der Sternenflotte beizutreten. Als ein Notruf von Vulkan eintrifft, macht sich die USS Enterprise auf eine Rettungsmission. Doch sie geraten in einen Hinterhalt und Pike wird von dem Romulaner Nero entführt. Nach Streitigkeiten mit Spock erhält Kirk unerwartete Hilfe und er wird Captain der Enterprise. Gemeinsam mit seiner Crew versucht Kirk alles, um Captain Pike zu retten und die zerstörerischen Pläne von Nero zu verhindern.