Kijimunaa, die Beschützerin des Waldes, warnt Yuna und Stitch am 200. Jahrestag des Untergangs von Captain Khans Schiff vor Piraten. Rock, Audrey und ihre Besatzung sind Mitglieder eines Piratenclubs, die den magischen Chitama-Stein suchen, um Captain Khans gesunkenes Schiff zu heben. Als das Schiff aus den Tiefen geholt wird, nehmen Captain Khan und seine Geistercrew Audrey und Yuna gefangen und es bleibt Stitch vorbehalten, seine Freunde zu retten.