Admiral Kirk fühlt sich in die Jahre gekommen und spielt mit dem Gedanken, in den Ruhestand zu gehen. Seine Pläne werden jedoch durchkreuzt, als sein alter Kontrahent Khan in ein Raumlabor eindringt, in dem an einem streng geheimen Gerät arbeitet wird. Mithilfe der "Genesis" lässt sich Materie umwandeln - in den falschen Händen eine gefährliche Waffe. Bald darauf gerät die Enterprise ins Kreuzfeuer von Khans Truppen. Als Khan den Materieumwandler aktiviert, scheint das Ende der Enterprise nah.