Um herauszufinden, ob seine Realität ein physisches oder mentales Konstrukt ist, muss sich Neo erneut dafür entscheiden, dem weißen Kaninchen zu folgen. Denn er ist in der Matrix-Welt gefangen, doch ohne sich dessen bewusst zu sein. Zudem wird er von seltsamen Erinnerungen geplagt. Sein Leben nimmt eine unvorhergesehene Wendung, als er einen Mann trifft, der ihn über seine Realität aufklärt. Die Welt, in der er sich nun befindet, ist jedoch viel gefährlicher als je zuvor.